新《認定辦法》最重要的特點是以企業自主研發和創新能力為核心來認定高新技術企業。
按照新《認定辦法》的規定，高新技術企業應該是在國家重點支持的高新技術領域內，持續進行研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，並以此為基礎開展生產經營活動，在中國境內（不包括港、澳、臺地區）註冊壹年以上的居民企業。這裏包括了三層含義：
壹是企業所從事的研究開發和生產經營活動必須符合國家重點支持的產業技術方向，屬於《國家重點支持的高新技術領域》規定的範圍；
二是具有持續的自主研究開發能力，擁有核心自主知識產權，將成為高新技術企業的必備條件；
三是企業的主營業務必須與自身的研究開發與技術成果轉化活動密切相關。
符合以上特征並達到相應認定指標的企業才能被認定為高新技術企業。沒有開展研究開發活動，單純從事高新技術產品生產加工的企業，不能被認定為高新技術企業。